La estructura de organización interna establecida para el cumplimiento de los objetivos y metas de SONDEAR comprende los siguientes niveles:

•    Nivel de aplicación de normas y políticas, constituido por la Dirección y gerentes de servicios.

•    Nivel ejecutivo intermedio correspondiente a los servicios de
-    Investigación técnico-social
-    Asistencia técnica
-    Capacitación
-    Administración
-    Consultoría

•    Nivel de asesoría y apoyo formado por las áreas de:
-    Planificación
-    Administración

•    Nivel operativo integrado por las áreas programáticas y operacionales generadoras de los siguientes productos:
-    Promoción de la organización y participación comunitaria y social
-    Fortalecimiento institucional de organizaciones no gubernamentales
-    Desarrollo de empresas rurales y reconversión productiva
-    Desarrollo de iniciativas y servicios ambientales