SONDEAR es dirigido por una Junta de Síndicos que establece las políticas, supervisa la administración, aprueba el presupuesto y evalúa los resultados programáticos.
Es administrada por una Junta Directiva compuesta por siete personas, profesionales de reconocida trayectoria, responsables algunos de ellos de realizar operaciones y programas que impulsa la organización.